棉签最常见的用途是清洁或抚摸耳道和/或去除耳垢。棉签也经常在个人卫生领域之外使用，通常用于塑料模型盒的建造，用于装饰或涂漆过程中的各种应用。
不要在耳道内放置棉签。用棉签取出耳垢，有可能会让耳垢从原来的地方脱落，堆成一堆，更容易深入耳道，堵塞耳朵，从而引起疼痛、听力问题、耳鸣或头晕，必要时可能还需要药物治疗来解决。再有棉签可能进入得太深，引起耳膜破裂。
使用棉签的注意事项：
1、无菌棉签用完之后，需将外包装封好口，外包装一旦被开启，保存得当的话，24h内还能保持无菌，超过24h，因受空气中细菌等的污染而不再无菌。
2、消毒只是杀灭病原微生物，而灭菌能把细菌的种子即芽孢都杀掉。棉签带有细菌的芽孢，消毒液对其毫无办法，连消毒液也可能被污染。此时不但起不到消毒作用，反而可能引发感染，所以不再无菌的的棉签切勿用在伤口上。
3、不要在耳道内放置棉签。用棉签取出耳垢，有可能会让耳垢从原来的地方脱落，堆成一堆，更容易深入耳道，堵塞耳朵，从而引起疼痛、听力问题、耳鸣或头晕，必要时可能还需要药物治疗来解决。再有棉签可能进入得太深，引起耳膜破裂。
