1、最好辨别的阶段是在成鱼之后，从身体形态上辨别。雄鱼的额头和颚下相对雌鱼来说要比较高，也可以说雄鱼的体型更接近于圆盘状。雄性的鳍拉丝长，并且鱼鳍很开阔。
特征是：雄鱼的额头较雌鱼发达，显得饱满而高昂，腹部则不似雌鱼那么膨胀，而且雄鱼的输精管细而尖，雌鱼的产卵管则是粗而圆。由于燕鱼是属于喜欢自然配对的热带鱼类，配对成功的燕鱼往往会脱离群体，成双入对的一起游动、一起摄食。通常从身形来看，公鱼要比母鱼看上去更方一些、大一些。
一般处于繁殖期的燕鱼，公母最容易区分。雌性燕鱼肚子大，是产卵的迹象，另外雄性的输卵管细并且很尖，雌性的则比较粗并且很短。
2、母鱼：母鱼的额头和下颚比较平滑，成年母鱼的肚子比公鱼更鼓一些，在繁殖期可以看到生殖器是比较粗圆的。
