1、第一种：FAT32。在格式化U盘时默认选择都是FAT32。
优点是兼容性强，除了电脑以外的大部分设备都是使用此格式，如果U盘是用来做电脑启动盘，强烈建议使用此格式，FAT32对引导系统启动兼容性很好。
缺点是拷贝文件时只能拷贝单个文件大小不能超过4GB的。
2、第二种：NTFS。
优点是NTFS可以支持的分区可以达到2TB，可以更有效地管理磁盘空间，支持拷贝超过4G以上的文件。高容错性、数据恢复、加密访问等。
缺点是会大幅度缩短U盘寿命。
3、第三种：exFAT。exFAT是Microsoft引入的一种适合于闪存的文件系统，其目的是为了解决FAT32不支持4G及其更大的文件而推出。
优点是专为闪存和U盘设计，空间浪费小
缺点是系统兼容问题，在XP系统使用需要下载补丁文件，然后也不会被电脑以外设备检测识别。
4、总结：用于做电脑启动盘时选择FAT32格式。拷贝大文件时建议选择NTFS，闪存（U盘、存储卡）闪存设备选择exFAT，兼容性非常好
