1、建比对后的序列保存fasta形式，用MEGA6.0打开，左上角选择DATA->Phylogenetic Analysis
2、在MEGA主窗口选择Distance->compute pairwise Distance，在弹出的宽口根据你所需构建NJ树所需参数设爬选政置 点孝散击compute按钮运行
3、在所得的矩阵中窗口以XL表格形式导出，以导出表格dist一脾针栏从小到大排序，将两条序列dist值明显异常（一般为-214748364）的两条序列根据其他方法构建的初步树或者比对序列与其他序列的差异选择性删除一条，之后重新比对 ，直到dist没有出现异常值，就可以正常构建NJ树
