生殖器疱疹潜伏期有以下两种症状：
生殖器疱疹初发症状
生殖器疱疹感染后平均约4~5日，外阴部先有灼热感，旋即发生成群丘疹，可为一簇或多簇，继之形成水疱。
数日后演变为脓疱，破溃后形成糜烂，自觉疼痛。
皮损多发于男性的包皮、龟头、冠状沟和阴茎等处，偶见于尿道口。女性则为外阴、大小阴唇、阴蒂、阴道、宫颈，也可发生于肛门等部位。
生殖器疱疹复发症状
常发生于原发性生殖器疱疹后1～3个月内。
第1次感染后1年内约60%的患者复发，第1年的发作次数为4～6次，甚至10次以上。
复发性生殖器疱疹可合并骶骨神经根病，表现为臀部或股部疼痛或感觉异常、尿潴留、阴茎不能勃起等。其它合并症还有直肠炎、前列腺炎、尿道炎综合征等。
