1、用途不同
前者的颜料可用甲苯稀释，有较强的渗透力，尤其适合在描图纸(硫酸纸)上作图；后者的颜料可溶于水，通常用于在较紧密的卡纸或铜版纸上作画。在室内透视图的绘制中，油性的马克笔使用得更为普遍。
2、特性不同
水性的特点是色彩鲜亮且笔触界线明晰；和水彩笔结和用又有淡彩的效果。油性的特点是色彩柔和笔触优雅自然，加之淡化笔的处理，效果很到位。彩色铅笔颜色最多有四十八色。
3、饱和度不同
水性马克笔色彩饱和度较强，在不同颜色上的叠加效果非常好。油性马克笔色彩饱和度较差，颜色叠加效果不好，需要在墨线稿上反复平铺，墨水泛上来才能与其它颜色相混合。
