赛可没有死，主角纳米服进行了终级进化，变成了和外星人一样的外骨骼，但是比外星人的更先进，可以任意改变外形。所以，先知把外形改变成了以前巴恩斯的长像，最后成为了一个全新的物种，既不是人类也不是外星人。
主角面对侵略而来的异形大军感到无能为力，眼前耳边回放看过往的一幕幕，最终主角选择最后一搏利用卫星兵器成功的机会了异形的战舰。
主角从太空向地球坠落，纳米装甲在同大气的摩擦中燃烧并开始适应性基因重组。最终主角落在了一个岛上，醒来的主角发现自己的纳米装甲不见了，但它的皮肤却纳化。
扩展资料
背景剧情：
《孤岛危机3》故事发生在上作《孤岛危机2》之后，纽约已经包裹在Nanodome当中的城市，成为热带雨林，长满树木，茂密的沼泽地和湍急的河流.
其中分成为七个不同的和变化莫测的环境，《孤岛危机2》当中的先知，研发出一个致命的复合弓箭，增强的纳米服和毁灭性的外来高科技，成为这个星球上最致命的猎人。
纽约树立起了巨大的保护屏障来保护城市，政府宣传的目的是为了保护人类不受外星人的影响和袭击，实际上这个保护屏障的背后是CELL企图用武器和科技征服世界的野心。
因此二代中继承了先知名字和意志的主人公,本名阿兹卡特的陆战队成员跟随前暴龙小队成员，在《孤岛危机：弹头》中担任主角的Psycho一起在该作中挑起抵抗CELL的重任。
