10xGenomics单细胞转录组亚群细分策略

 时间:2024-10-17 10:57:22

1、Genomics单细胞转录组亚群细分策略目前较为常见的方法有两种策略:(1)调整亚群分辨率(2)亚群细胞提取出来,重新从头进行聚类

2、(1)调整亚群分辨率 其实调整亚群聚类分辨率来实现亚群细分,官方Guided Clustering Tutorial手册有相关说明。

3、(2)亚群细胞提取出来,重新从头进行聚类 这种方式就是要根据表达矩阵和聚类文件,把某一个聚类的所有细胞表达矩阵提取出来,然后重头分析一遍,提取表达矩阵需要两个文件:细胞以及对应聚类编号csv文件:一共两列,第一列为细胞barcode,第二列为聚类编号。 具体提取脚本,会有另外文章说明,这里不再概述。 提取表达量文件后,重新按照pipeline进行分析,得到聚类结果等。

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