奶茶菌落总数超标处罚多少

没收违法所得25元，罚款5000元。

依据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，鉴于当事人所经营的不合格奶茶系根据抽样订单才制售的、全部用于抽样检验，并从食品加工工具和行为规范消除危害后果，符合《中华人民共和国行政处罚法》第三十二条第一项“当事人有下列情形之一，应当从轻或者减轻行政处罚：

主动消除或者减轻违法行为危害后果的”所规定的减轻情形，对当事人责令改正，并作出“没收违法所得25元，罚款5000元”的行政处罚。