1、分子生物实验室依据所使用的方法可分为试剂准备、标本制备、扩增、产物分析等三或四个区域。只是使用实时荧光 PCR仪、 HIV 病毒载量测定仪的 PCR实验室，有上述前面三个区域即可。各区域应完全独立分隔，不应有任何的空气直通。
2、产物分析区或三个区域的最后一个区域 （即扩增及产物分析区），空气流向应由室外向室内，可通过在室内设置通风橱、排风扇或其他排风系统达到空气流由室外向室内流动的要求。
1、试剂准备区
仪器设备主要应有加样器、冰箱、天平、低速离心机、混匀器、可移动紫外灯等。可使用超净工作台作为试剂配制操作台面。
2、标本制备区
仪器设备主要应有生物安全柜（最好为 B2, 可避免提取核酸在柜内反复循环，造成标本间交叉“污染”，出现假阳性结果。此外还应配备加样器、台式高速离心机（冷冻及常温）、台式低速离心机、恒温设备（水浴和 / 或干浴仪）、冰箱、混匀器和可移动紫外灯等。
3、PCR扩增区
主要仪器就是核酸扩增热循环仪（ PCR仪，实时荧光或普通的）。热循环仪的电源应专用，并配备一个稳压电源或 UPS，以防止由于电压的波动对扩增测定的影响。此外，根据工作需要，还可配备加样器、超净台等。
4、产物分析区：
本区所使用的仪器设备可能有加样器、电泳仪（槽）、电转印仪、杂交炉或杂交箱、水浴箱、 DNA测序仪、酶标仪和洗板机等。
