1、两者目的不同：廉租房解决城市中低经济收入家庭住房困难而建的普通住宅，有社会公共福利和住房社会保障性质;公租房是由政府政策支持，限定户型面积、供应对象和租金标准的公共租赁住房。
2、申请对象不同：廉租房的申请对象仅限于本市城镇低收入住房困难家庭;而公租房的申请对象不受区域和户籍限制，如本市中等偏下人群，新就业职工和外来务工人员。
3、收入限制标准不同：主城区申请廉租住房是当地民政部门认定的低收入家庭或最低收入家庭;申请公租房的收入、财产低于规定标准。
4、交纳的租金不同：廉租房月租金标准约为0.8-1.2元/平方米。公租房的租金标准按照贷款利息、维护费等因素确定，不超过同类地段、同等品质房屋租金的60%，并动态调整。
