1、支线剧情不一
《口袋妖怪心金》的支线剧情多加入了《口袋妖怪水晶》的支线剧情，突出了水君同主角的多次相遇。
2、平台不一
《口袋妖怪金》的游戏平台是是GBC平台（支持SGB），《口袋妖怪心金》的游戏平台是任天堂DS。
3、初始神奇宝贝不一
《口袋妖怪金》开始主角一样要从初学者用的神奇宝贝选一只做神奇宝贝大师旅行；《口袋妖怪心金》需要在空木博士提供的三只初学者神奇宝贝菊草叶、小锯鳄和火球鼠中选择一只作为搭档。
口袋妖怪金图片：
口袋妖怪心金图片：
4、游戏化身不一
《口袋妖怪金》中玩家可选择的游戏化身只有一个小金；《口袋妖怪心金》中玩家可选择的游戏化身是两个小响和琴音。
5、设定的地点不一
《口袋妖怪金》从若叶镇出发；《口袋妖怪心金》的故事设定于游戏世界的城都地方，玩家在游戏中的基本目标是通过培养神奇宝贝同其他训练家对战。
6、怪兽数量不一
《口袋妖怪金》的怪兽有251个；《口袋妖怪心金》的怪兽有493个，可以与《口袋妖怪钻石·珍珠》相配合收集到以前的第四世代中没有的神奇宝贝。
