两者区别：
１、性质不同。自营旗舰店是指生产厂家自己经营的旗舰店，官方旗舰店指的是经生产厂家官方认可的旗舰店
２、范围不同。一个品牌一般只有一家自营店，但可以有很多家官方旗舰店。
３、经营者不同。旗舰店是官方认可的，直营店由总公司直接经营的连锁店。
直营店是指由总公司直接经营的连锁店，即由公司总部直接经营、投资、管理各个零售点的经营形态。而其实就是城市中心店或地区中心店，一般是某商家或某品牌在某地区繁华地段、规模最大、同类产品最全、装修最豪华的商店。
拓展知识：
直营店是指由总公司直接经营的连锁店，这种形态的连锁店在美国都是属于连锁加盟店的一环。它的优点是经营完全在总公司的掌握之中，缺点是由于完全由总公司出资，总公司派人经营，在市场的拓展方面较慢，另外由于有的店长也是应聘的，不是老板，反而经营绩效不如店长是老板的加盟店。
旗舰店不仅仅是一个概念、一个品牌、一种哲学、一套生活方式，旗舰店也应该是形象的旗舰店，用来更好地展示企业品牌形象；还应该是销售的旗舰店，要有好的销售业绩；更应该是管理的旗舰店，可以高效地管理商店。
