首先是发源不同，其次是形制不同，再其次是职能不同，最后则是修筑标准不同。
寺庙，为寺和庙的通称，佛教建筑居多，但广义来说也不仅限于佛教相关。最早起源于佛教的发源地印度。寺庙中的祭拜活动在室内，为房屋建筑形式，是中国悠久历史文化的象征，同时也是敬顺仰止之地，庄严而神圣不可侵犯。
坛庙，则是中国专门祭祀天地日月山川祖先社稷的建筑，起源于中国远古时代的祭祀活动，多为露祭场所，修筑在圆形或方形的露天平台上。比如天坛、地坛、日坛、月坛以及各地专门祭祀土地与农神的坛庙等，都充分体现着中华传统民族文化的特色。据《周礼》记载，其后历代均有专职掌坛庙祭祀的官员。
