乌贼墨是由墨囊中的分泌腺合成，在墨囊中储存，遇敌时通过直肠经肛门喷出。墨囊是一个非常发达的直肠盲囊，位于内脏团的后腹侧，前端为一细长的管子，即墨囊管，在近肛门处与直肠相通，开口附近有两组环形的括约肌。
因墨囊内储存的墨汁多少不定，故其形状和大小变化较大。对金乌贼而言，可重达50g。墨腺位于墨囊底部，构成墨囊壁的一部分。墨囊的腺体部分有两类上皮细胞：一类是柱状的典型的腺细胞，含有黑色素颗粒;另一类位于腺体的颈部，高柱状，极少或不含黑色素。
乌贼墨的合成是从酪氨酸开始，生成多巴，直到合成真正的黑色素。墨腺中有非常细的白色纤维，纵横交错，集结着黑色、兰色、茶色、金色等各种色素，以及丰富的岩藻糖（Fuc）、葡萄糖醛酸（Ga1NAc）及半乳糖（GlcA）等各种糖转移酶的含量也很丰富。
故该腺体是合成黑色素及蛋白多糖复合体的加工厂。
墨鱼的墨汁含有一种粘多糖，有一定的抑癌作用，墨鱼的墨汁含有抗癌物质，日益受到公众的关注。墨鱼的墨汁经加工后，是一种贵重药材，具有很好的止血功能。
