1、碳化，通过化学反应使动植物的有机组织被水带走，只留下微细的碳痕。氮、氢、氧等元素都以气体的形式被带走，只留下生物的大体轮廓。碳化保存的生物通常有鱼、植物的叶片及木材组织等。
3、重结晶，改变了化石原来的内部结构。重结晶会破坏化石的原始生物结构，常常形成大的晶体，矿物的成份通常不发生变化，变化的只是晶体结构。例如，许多贝壳原来是由文石组成，重结晶后就变成了更加稳定的方解石。
5、第二种就是未变保存（直接保存）：保存的化石没有发生变化。常见的未变保存材料通常是未发生变化的生物硬体组织，比如贝壳，骨骼，牙齿等。这些材料没有发生变化，特别是保存了某些生物的有机组织。其它的未变保存的例子包括化石珊瑚、贝壳、海绵骨骼、微体化石以及有硬体的其它生物。在特殊情况下，也会发生生物软体的保存。
