首先真核微生物存在有核膜包被的细胞核，原核生物只有不成形的细胞核，其次真核微生物的细胞壁是甲壳质和纤维素，但原核生物的细胞壁组成物质是肽聚糖，最后真核微生物的细胞器包括多种，而原核生物的细胞器只有核糖体。真核微生物主要包括真菌、显微藻类和原生动物等。原核生物分为狭义的细菌、蓝细菌、放线菌、支原体、衣原体、螺旋体和立克次氏体七大类。
真核微生物
镇和微生物是一类细胞核具有核膜，能进行有丝分裂，细胞质中存在线粒体或同时存在叶绿体等多种细胞器的生物。菌物界的真菌、黏菌，植物界中的显微藻类和动物界中的原生、后生动物等都是属于真核生物类的微生物，故称为真核微生物。
原核微生物
原核生物是指一类细胞核无核膜包裹，只存在称作核区的裸露DNA的原始单细胞生物，虽然它不完全、虽然它简单，但是能在这个竞争激烈的环境中长久地活下去都会拥有自己的专属技能——原核生物的多样性。比如细胞形态的多样性、运动的多样性、生长发育多样性、细胞结构多样性、细胞化学多样性、代谢功能多样性、遗传变异多样性等。
