水质不同：农夫山泉天然水取自长白山莫涯泉2号泉。该泉为火山型玄武岩地下自涌泉，为30—60年前的无污染冰雪融水经岩层净化后喷涌而出。该泉水的矿物盐含量适中，口感清冽，呈天然弱碱性，尤其适于生产适合婴幼儿饮用的瓶装水；而矿泉水从地下深处自然涌动的或经过人工揭露的未受污染的地下矿水，一般在地层深部循环形成，含有特殊的化学成分和物理性质。
矿物质含量不同：农夫山泉天然水含有一定量的矿物质，但含量低于矿泉水，水质呈天然弱碱性；而矿泉水：含有一定量的矿物盐、微量元素或二氧化碳气体，矿泉水中含有较多的矿物质，某些特定元素对人体饮用有保健作用。
农夫山泉的水是天然弱碱性水（PH值7.3±0.5），不是矿泉水，也不是纯净水，是完全不同的概念，农夫山泉天然水比矿泉水更好。健康人体的体液整体上呈弱碱性，其中健康血液的平均pH值在7.35～7.45。天然水以天然优质水源为原水，只经过必要的物理加工工序，充分保留了原水中的天然矿物元素，水质一般呈弱碱性。
纯净水一般以城市自来水为水源，采取反渗透等加工工艺，去除水中包括矿物元素在内的所有其他物质而制得的饮用水。因此不含有矿物元素，呈弱酸性。矿泉水分为天然矿泉水和非天然，天然矿泉水指从地下深处自然涌出或经钻井采集，含有一定量的矿物质、微量元素或其他成分，在一定区域内未受污染并采取预防措施避免污染的水。
